ご記載いただいた事実関係からは詳細は分かりませんが、20年前に購入した物件について、購入時に聞いていた間口の広さ（2ｍ）が、実際には5㎝足りないことが20年経って発覚したものと理解しました。購入当時であれば、売主に対する瑕疵担保責任（現行民法での不適合責任）や仲介業者への損害賠償請求等の対応が考えられますが、購入から20年経った現在では、時効にかかっている可能性が高く、これらの責任追及は難しいように考えられます。（実際に時効が完成しているかどうかは個別の事情をもっと詳細に検討しないと断定はできませんが。）
隣人とのトラブルになる可能性があると言うことは土地の境界に関する問題も生じる事案なのかもしれません。不動産屋さんにある程度お任せするのは構わないと思いますが、ご自身の所有物件の問題ですので、一度、弁護士等の専門家に相談し、具体的な解決策を検討されることをお勧めいたします。