不動産投資家です。店舗も保有していますのでご参考になれば、、

>①物件探しに置ける、効率的な探し方や留意点
1)効率的な探し方は、
・インターネットで自分で探す
・店舗専門の不動産仲介業者さんに依頼して希望の物件を探してもらう(ない場合は普通の不動産屋さん)
が良いと思います。
診療所となりますと、広さや駐車場や、そのほかにも制約がありそうなので、そういった診療所に必要な条件を不動産屋さんに伝えて探してもらうのが良いと思いました。都会だと店舗専門とかオフィス専門の仲介店がありますが、田舎だとあまりないのでその場合は普通の不動産屋さんにいくつか相談してみるとよいと思います。

留意点としては退去時に原状回復をどうするのか(スケルトン返しなのか）や、どこまでリフォームしてよいかなど、ご確認されたほうが良いと思います。

>②明らかに営業していない物件があるが、空き物件として情報が回ってこない場合はどういう状況が考えられるのか
2)についてですが、そもそも賃貸の募集をかけていない可能性があります。空室を募集かけていない大家さんは、高齢の方など多かったりする印象です。もしくは非公開で募集かけているとかあるのかもしれません。

お役に立てれば幸いです。