G法人からN法人への事業譲渡に伴う賃借権の譲渡については、賃貸人の承諾が必要ですが、既に承諾しているのでしょうか。
この承諾を拒否した上で、G法人に対し、廃業に伴い退去して原状回復するように求め、G法人が原状回復工事をしないのであれば、賃貸人の方で原状回復工事をして原状回復費用を保証金から充当し、不足額は請求するというのであれば筋が通っているように思います。

一方、既に賃借権の譲渡について承諾をしているのであれば、現状に変更はなく、実際には原状回復工事はしないわけですから、G法人に対して、発生しない原状回復費用を請求するのはややおかしいように思います。N法人が退去した時点で、N法人に原状回復費用を請求すべきことになるのではないかと思います。

ところで、G法人からの保証金についてはどのような取り扱いをしているのでしょうか。賃貸人の承諾を得て行う賃借権の譲渡の場合には、いったん、譲渡時点での保証金を清算してG法人に返還し、新たにF法人から保証金を差し入れてもらうことが通常と考えられますが、そのような処理はしているのでしょうか。

なお、テナントの原状回復費用が「全てにおいて借主負担」と決まっているわけではなく、賃貸借契約の定めによります。

G法人とN法人との間の取り決めの内容には賃貸人は関与できません。

問題は、G法人からN法人への賃借権の譲渡を承諾するかどうかです。

まだ賃借権の譲渡を承諾しておらず、G法人の原状回復費用の点で納得ができないのなら、納得できない限りは承諾しないという形で交渉した方が良いように思います。