建築基準法６３条は、民法２３４条の特則と解されていますが、防火地域又は準防火地域でないなら、建築基準法６３条は適用されないので、民法２３４条１項により、境界線から５０ｃｍは離さないとダメだと思います。

相手が交渉に応じないなら、建築を中止させるには、まず裁判所に仮処分を申立てて認めてもらう必要があるでしょう。

民法２３６条の「異なる慣習」があるか、という問題はありますが、そう簡単には「慣習」は認められないと思います。

掲示板での相談で、勝てるかどうか、確たる見通しは回答できませんが、民法２３４条１項からすれば、請求が認められる可能性はありそうです。

民法２３４条２項の「建築に着手した時から」については、常識的に考えて、隣地所有者が違反に気付くタイミングですから、設計図が完成してからではなく、現地で着工してからだろうと思います。

（参考条文）
民法
（境界線付近の建築の制限）
第二百三十四条　建物を築造するには、境界線から五十センチメートル以上の距離を保たなければならない。
２　前項の規定に違反して建築をしようとする者があるときは、隣地の所有者は、その建築を中止させ、又は変更させることができる。ただし、建築に着手した時から一年を経過し、又はその建物が完成した後は、損害賠償の請求のみをすることができる。

（境界線付近の建築に関する慣習）
第二百三十六条　前二条の規定と異なる慣習があるときは、その慣習に従う。

建築基準法
（隣地境界線に接する外壁）
第六十三条　防火地域又は準防火地域内にある建築物で、外壁が耐火構造のものについては、その外壁を隣地境界線に接して設けることができる。