適合証明自体は、通らないとフラット３５が組めないわけですから、通ったこと自体は良かったということでスルーして良いのではないでしょうか。

それとも、適合証明に借主から異議を唱えて、融資をおりなくして、融資がおりないことによる白紙解除ができないか、という趣旨でしょうか。それもリスクがあるように思います。

売主の契約不適合責任については、おそらく売買契約書で契約不適合責任の免除の特約があると思いますが、売主が当該雨漏りを契約前に知っていたことを立証できれば、契約不適合責任免除の特約が無効となるので（民法５７２条）、その立証ができないかを検討する必要があると思います。

その立証ができれば、契約不適合責任に基づき、修繕や代金減額、損害賠償の請求が可能となるでしょう。

仲介業者の説明義務違反についても、仲介業者が当該雨漏りを契約前に知っていたことを立証できれば、説明義務違反による損害賠償請求が可能となるので、その立証ができないかを検討する必要があると思います。

残留物の件については「不要な灰皿のみ処分してほしいと仲介業者に依頼した」が「売主が当該依頼を知りながら処分してしまった」ことが立証できるかの問題かと思います。仲介業者に依頼しても、それが直ちに売主との間で合意したことにはならない点に難しさがあると思います。仲介業者から売主に「不要な灰皿のみ処分、そのほかは残す」という依頼が伝わっており、売主が承諾しているかが問題になると思います。

後は、バイクと工具箱の損害額をどう算定するかの問題もあります。