・部屋の構造上の不具合
扉と扉が向い合せになっており、両方を開けるとぶつかってしまう作りになっていること。それに対し対策が取られている訳ではないこと。

→入居者もそのような構造になっていることは認識して住んでいるので、それを理由に賃貸人の責任とするのは難しいように思います。

・管理会社の関連リフォーム業者に見積を取ったところ、ドア丸ごと交換となっておりました。
この場合、減価償却の概念は適用されないのでしょうか。

→国土交通省の原状回復ガイドラインをご確認ください。

原状回復費用について、減価償却の概念が適用されています。

もっとも、ガイドラインｐ２４で「設備」については、各設備の法定耐用年数で減価償却するとされていますが、ｐ２３で柱等の建具については、

「経過年数は考慮しない。（考慮する場合は当該建物の耐用年数で残存価値１円となるような直線を想定し、負担割合を算定する。）」

と記載されており、微妙な表現です。

入居者側としては、入居者側の過失によるドア交換とはいえ、築３０年以上ですから、（当該ドアが前回いつ交換されたかにもよりますが）減価償却の考え方を適用すべきと主張して良いと思います。