不動産投資家です。
不動産投資家からの観点で回答させていただきます。

>シロアリ、雨漏り、給排水配管破損、構造耐力上主要な部分腐食、傾きの5つの項目について全部保証しませんと書いている

こちらはなぜ業者さんは違うことを重要説明事項に書いてきているのかわからないのですが、もし相談者さんを意図的に騙そうとしているのなら悪質です。

売り主が宅建業者のため、「売主が宅地建物取引業者である場合、契約不適合責任を免責する旨の規定を置いても、それは無効となります。」と宮川先生が解説されています。詳しくはこちらの記事をご参照ください。

https://fudosandojo.com/c_2/"現状有姿"の文言があれば、契約不適合責任を負わない？.html

>客付け仲介は買い主側の立場のはずですが、売主側に立って、売主さんが値引同意したにも関わらず指値を阻止しました。それは宅建業法などに違反するところはありますか?

売り主と合意しているのに仲介業者が指値を阻止するというのは、なぜでしょうか？仲介手数料が減るからとかでしょうか？何棟も購入してきていますが、そういうケースは聞いたことがありません。。

売り主と買主の仲介業者が同じ(両手取引)の場合、基本は中立的な立場をとるべきですが、実際問題はどちらかに偏ってしまうことはよく起こりえます。そのこと自体が行法に違反するかどうかはわからないのですが、、宅建業法違反になるというのは聞いたことありません。

あまりいい物件出ないのなら見送るのが良いのかなと思いました。もしよい物件でどうしても買いたいのでしたらら、可能なら仲介業者さんを変えるか、買いの仲介で別の業者さんに入ってもらうかなども私なら検討するかなと思いました。

お役に立てれば幸いです。

>結局時間の無駄になります。客付け仲介から私に謝罪してほしいと、謝罪しないなら、何か法的な根拠や措置がありますでしょうか?
→法律については専門外であるため私からお答えすることはできませんが、
個人的な印象を申し上げるとすれば、特に何か罪とすることは難しいのではないかと思いました。

結局，契約はしていないのですよね？
そうだとすると，詐欺に該当するというのは難しいと思います。
事前の説明と違う内容が契約書に書かれていて，そのことに気付いて契約しなかったのであれば，それは良かったと思いますが，詐欺で訴えるといったことは難しいです。
そのような仲介業者との取引は止めるべきでしょう。
「指し値を阻止」というのはおっしゃっている趣旨が良く分かりません。
売主は値引きに応じる意向なのに，買主側仲介が，値引きはやめておいた方が良いですよと売主に言っているといったことでしょうか？
ともかく，金額についてご意向と合わないのであれば，契約するべきではありません。