1・破産した仲介業者の会社名が入った入居者との契約書はそのまま生きますでしょうか？

→仲介業者が契約後に破産しても、賃貸借契約の効力に影響はありません。

2・別の業者に再度作り直しをしてもらわなければならないですか？

→その必要はありません。

3・以前、破産した仲介業者が入居者との契約書を作る際に父のサインする場所に勝手にサインし印鑑も購入して捺印していたため、それは困る旨を話そうかと思っていた所破産してしまいました。
通常は私が契約書は目を通すのですが離れて暮らしているため急いでしてしまっていた様です。
その様な契約書でもそのままで大丈夫でしょうか？

→建物所有者がお父様なのですね。お父様がその賃貸借契約は有効なものであると追認するのであれば、有効です。ただ、お父様の相続発生後に、他の相続人が「筆跡が違う」等と文句を言い出す可能性はなくはないと思います。更新時にはきちんと建物所有者本人が署名押印した方が良いですね。