設置された給湯器が越境するということであれば，所有権侵害となりますので，給湯器の撤去を請求できます。

建物と隣地境界線との間については，民法２３４条では境界線から５０ｃｍ以上距離を開けなければいけないとありますが，建築基準法６３条で，「防火地域又は準防火地域内にある建築物で、外壁が耐火構造のものについては、その外壁を隣地境界線に接して設けることができる。」とされています。

越境しない給湯器であれば，設置の際に隣地を利用することは，民法２０９条で認められています（後掲）。

「また壁芯とは基礎立上り芯なのか外壁から部屋内の壁芯なのかどちらになるのでしょうか？」
→これについては，重要事項説明書を記載した仲介業者がどういう趣旨で書いているのか確認するしかないかと思います。「壁芯」というのは，通常は壁の中心線を指す言葉ですが，隣地間距離に壁芯を使うというのはあまり一般的ではない気がします。

（隣地の使用請求）＊現行法
第二百九条　土地の所有者は、境界又はその付近において障壁又は建物を築造し又は修繕するため必要な範囲内で、隣地の使用を請求することができる。ただし、隣人の承諾がなければ、その住家に立ち入ることはできない。
２　前項の場合において、隣人が損害を受けたときは、その償金を請求することができる。