「ペットの覚書には「敷金を超過する場合には追加で徴収」と記載があるのに対し
管理会社は「敷金は使わない」の一点張り。
賃貸借契約約款 には「敷金100%償却、原状回復費用は別途借主負担」と記載」

→ご相談者様としては，覚書に「敷金を超過する場合には追加で徴収」とあるので，これが一般的な賃貸借契約約款に対する特約にあたり，覚書の規定の方が優先する，という主張が考えられます。

「そして、賃貸借契約約款 の故意過失の場合経過年数を考慮しないものとする。との文。
国交省ガイドラインには経年劣化、経過年数要考慮とされていますが
約款にて考慮しないものとすると書かれている以上は経過年数を考慮してもらえないのでしょうか？」

→ご相談者様としては，故意過失の場合に経過年数を考慮しないという約款の規定は，消費者契約法10条に違反して無効，という主張が考えられます。国交省ガイドラインでは故意過失の場合にも経過年数を考慮しないとしているので，そのような一般の解釈に比べて消費者の義務を加重しており，信義則に反して消費者の利益を一方的に害する，という主張です。

〔消費者契約法〕
（消費者の利益を一方的に害する条項の無効）
第十条　消費者の不作為をもって当該消費者が新たな消費者契約の申込み又はその承諾の意思表示をしたものとみなす条項その他の法令中の公の秩序に関しない規定の適用による場合に比して消費者の権利を制限し又は消費者の義務を加重する消費者契約の条項であって、民法第一条第二項に規定する基本原則に反して消費者の利益を一方的に害するものは、無効とする。

賃貸人側も賃借人に厳しい内容の約款を用いているので，通常の場合よりはハードルが高いであろうことは事実ですが，以上のような主張をして争う余地はあります。