「本件、契約期間を巻き戻して更新料を請求することは、よくあることなのでしょうか？
また、そもそもとして更新料を支払う義務はあるのでしょうか？」

→良くあることではないですね。

更新料の支払義務については，当初の賃貸借契約書の規定によります。

法定更新の場合でも更新料を払うと書いてあったり，自動更新の条項が付いていたりすれば更新料の支払義務はありますし，合意更新の場合のみ更新料を支払うと趣旨の規定であれば，更新料の支払義務がないといえる場合もあります。

ただ，貸主本人から「更新料はいらない」といわれたわけですよね？

そのやり取りのメールなどはないのでしょうか？

もしあれば，更新料を免除されたと主張できるように思います。

また，法定更新の場合でも更新料を支払わなければならない場合でも，法定更新になると契約期間の定めがなくなりますので（借地借家法２６条１項），その後は更新料の支払義務がなくなるといえる可能性が高いです。（当初の契約書に自動更新の条項がある場合や法定更新の場合でも２年ごとに更新料を支払うという条項がある場合にはダメですが）

巻き戻しての合意更新に応じる義務はないので，どうするのが良いか，一度面談の上で正式に弁護士にご相談されることをお勧めいたします。